重点学科是高校在培养高素质创新人才和开展高水平科学研究中具有示范和带头作用的学科，是衡量一所高校办学水平和特色的重要标志。
在2001年国家重点学科评审中，首都医科大学的外科学（神外）、眼科学和耳鼻咽喉科学3个学科被评为国家重点学科。2007年教育部对2001年获批的国家重点学科进行考核评估，并开展了新增国家重点学科的评选工作。首都医科大学上述3个学科均以优秀成绩通过考核评估，同时，神经生物学、内科学（呼吸系病）、内科学（心血管病）、神经病学和儿科学5个学科增补为国家重点学科，内科学（消化系病）和影像医学与核医学2个学科增补为国家重点（培育）学科。至此，首都医科大学拥有8个国家重点学科，2个国家重点（培育）学科。
2002年北京市教委首次开展北京市重点学科评审工作，首都医科大学的神经生物学等7个学科被评为北京市重点学科，生理学等8个学科被评为北京市重点建设学科。2007年北京市教委对原北京市重点学科进行了验收，并开展新增北京市重点学科的评眩首都医科大学原有的15个北京市级重点学科均顺利通过验收，同时，18个学科被增补为北京市级重点（建设）学科。至此，首都医科大学拥有1个交叉学科北京市重点学科，2个一级学科北京市重点学科，7个二级学科北京市重点学科，2个一级学科北京市重点建设学科和12个二级学科北京市重点建设学科，涉及医学、理学、工学、教育学、法学、管理学六个门类。
