基 础 部
基础部始建于20世纪80年代中期，经过20余年来的不断发展壮大，已成为学院基础教育、医学基础教学、科学研究、学生管理的重要部门。
基础部现有12个教研室，承担着全院公共课、中医基础课和西医基础课共47门课程；拥有中医基础理论、中医临床基础、中医医史文献和中西医结合基础4个硕士学位授权点。其中，中医基础理论为贵州省省级重点学科。3个教学实验室通过了贵州省普通高校“双基”实验室合格评估，3个科研实验室分别为贵州省中医药管理局一、二级实验室。《中医诊断学》、《中医基础理论》、《生理学》、《金匮要略》、《药理学》等课程为贵州省“精品课程”。
基础部现有140余名教职工，其中教授13名，副教授24名；拥有贵州省教学名师2人，院级教学名师9人和一批学科带头人、中青年学术骨干。近年来，基础部不断引进和更新了大量教学仪器设备。建立了贵州省内首家 “数字互动显微形态实验室”，新引进的“脉象仪”、“脉象模型”等教学设备丰富了实验教学手段，使实验教学有了质的飞跃。
基础部一手抓教学、一手抓科研，通过科研促进教学。近年来，该部教师共承担科学研究100余项，获贵州省科技进步二等奖1项，在各级学术期刊上发表论文800余篇，主编、参编学术专著、教材50余部，其中部分论文在国际学术会议上交流，获得了较高评价。
中医学、中西医临床医学各专业前三年设于该部。
针 灸 推 拿 系
该系成立于1986年，以培养具有中医对外英语交流能力，创新精神和实践能力强的高级针灸推拿人才为主，具有针灸推拿学硕士学位授权点，可面向国内外招收硕士研究生。
该系现有基础针灸、临床针灸、实验针灸、推拿4个教研室和1个综合实验室组成。师资力量雄厚，有专兼职教师及科研人员30余人，其中正高职称4人，副高职称14人，硕士生学历教师11人，博士以上学历教师3人，省级名师1人、院级名师1人，是一支教学、医疗、科研一体化，梯队配置合理的教师队伍。
2006年，针灸推拿学科被评为“贵州省级重点学科”，同年针灸综合实验室通过“贵州省专业实验室”评估；2007年针灸推拿专业获得“贵州省示范专业”称号。目前该系主持和承担了国家科技部重大基础项目、省部级、厅局级等项目在内的科研课题达40余项，获省部级、厅局级奖励多项，在国内学术期刊上发表论文数百篇，并且还承担了全国性、区域性教材的编写工作。
针灸推拿学、针灸推拿学（英语方向）专业设于该系。
骨 伤 系
骨伤系于1988年正式成立，其前身为学院骨伤科研究所，该所1983年底就被卫生部定为全国骨伤科医师教学进修基地。该系现拥有两个附属医院的四个骨科病房和门诊，以及一个骨伤科研究所，主要培养高级中医、中西医结合骨伤科学专门人才。
该系经过多年发展，现已拥有一支集教学、临床、科研于一体、梯队配置合理的教师队伍，其中正教授、主任医生7人，副教授、副主任医生13人，硕士生导师13人。该系教师近年来多项科研成果分别获全国科学大会、省、部级奖励。
同时，该系拥有中医骨伤科学硕士学位授予点，该学科于2000年被确定省级重点学科。多年来，该系培养了大量骨伤科硕士研究生及本科生，许多毕业生现已成为省内外各级医疗、教学及科研单位学科带头人及学术骨干。
中医学（骨伤方向）专业设于该系。
护 理 系
护理系成立于1999年，在贵州省最早开设了本科护理学专业，填补了贵州省护理界没有本科高级护理人才的空白。
护理系拥有雄厚的师资力量，现任教职工26人，其中高级职称15人，中级职称9人，硕士研究生以上学历3人。系部教师先后主编、参编了多本护理系列教材，基本形成了一支高质量的教学、科研、临床一体化的师资队伍。
此外，该部还拥有现代化的多媒体教学设备，先进的电化教学示教室；拥有技术力量雄厚，条件设备好，业务水平高，带教意识强的校内外教学及实习基地。如：省外的广州华侨医院、北京广安门医院、北京西苑医院、山西医科大学第一附属医院、深圳沙井医院等；省内的贵州省人民医院，遵义医学院附属医院、贵阳市第一、二、四人民医院，贵阳中医第一、第二附属医院等。这些都充分保证了教学、实验、实习和科研任务的完成。
护理学、护理学（护理英语方向）专业设于该系。
医 学 人 文 系
医学人文系成立于2001年，在贵州省医学院校中最早开设法学专业，是贵州省内唯一获得应用心理学第二学士学位授予权的单位。该系的建立，对适应我国医疗体制改革及现代医学模式转变，满足社会对医学高级复合型人才的需求，构建中医多学科发展的框架具有重要意义。
该系拥有现代化的多媒体教学设备及先进的电化教学模拟法庭、心理学实验室、心理健康教育中心等。教学实习基地除我院第一附属医院和第二附属医院能满足本系相关专业医学实习外，还有贵州省高级人民法院、贵阳市中级人民法院、南明区人民法院、全国示范法院的息烽人民法院及多家大型律师事务所等法学教学实习基地，以及贵州省第二人民医院、成都市第四人民医院、深圳市康宁医院、汕头大学精神卫生中心、厦门仙岳医院等医学心理学教学科研实习基地，能保证较好地完成教学、实习和科研任务。
法学、应用心理学、应用心理学第二学士学位、劳动与社会保障，等专业设于该系。
药 学 系
药学系创建于1975年。1986年获中药学硕士学位授予权。在2006年全省47个硕士点检查评估中，该硕士点获总分第一。中药学1992年被确定为省级首批重点学科，中药生药学为国家中医药管理局西部重点学科，中药生药实验室为贵州省重点实验室。目前，该系已经成为贵州省中药产业现代化人才培养和科研开发的重要基地。
该系目前有教学机构9个，科研机构3个，教学、科研实验室4个，教学、科研仪器设备值近1400万元。现有教学科研人员100余人，其中正教授20人，副教授30人;国务院和省政府特殊津贴者专家4人，省管专家2人，全国名老中药专家师承出师6人。省部级及院级学科带头人3人，中青年学术骨干4人，博士生导师 2人，硕士生导师 21人。
该系部教师近年来发表论文500余篇，主编和参编的专著、教材45部，开发成功、投产的新药及保健药品46个；其中，获省部级奖10项，其它获奖9项，发明专利3项，成果转让5项，科研成果被采用11项，创直接经济效益1740多万元。目前，该系还承担有国家自然基金、国家中医药管理局、省中药现代化、省长基金、省科技厅等55项课题。
中药学（含中药方向、营销方向、分析方向、涉外方向、苗药方向）、药物制剂、制药工程等专业设于该系。
