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学校实行校、院两级管理体制，设有16个二级学院(部)：临床医学院、基础医学院、口腔医学院、公共卫生学院、中医学院、护理学院、药学院、成人教育学院、高等卫生职业技术学院、研究生院、管理学院、理学院、检验学院、人文社会科学部、体育部、外国语教学部；8个教学、科研辅助部门，13个附设科研机构。有实践教学基地77所，其中附属医院5所、教学医院12所、实习基地60所。
四川航天职业技术学院
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