学校遵循教育部规定的“学校负责、招办监督”的录取体制，严格遵守教育部、省（区、市）招生办公室的有关招生录取政策和规定，本着公开、公平、公正的原则，以考生成绩为基本依据，综合衡量德智体美劳，择优录取。本校按物理学类录取，学生在大学一、二年级根据自己的兴趣、能力和社会需求再选择专业。本校采用基于高考的综合评价录取模式。考生须报名参加本校自行组织的能力测试。能力测试包括机试和面试（在上海、浙江仅举行面试），测验考生批判性思维和逻辑思维能力、想象力、洞察力以及灵活运用知识创造性分析解决问题的能力。进入面试的考生取得参加本校组织的体育科目测试的资格，该测试结果作为录取的重要参考。本校不设投档比例，凡参加本校能力测试并在相应批次的志愿栏中填报本校且达到第一批本科投档分数线（或一段线、自主招生控制线，广东省高分考生优先投档线）的考生，全部调阅档案。综合评价录取：高考成绩（折算成百分制）占综合成绩的60%，本校组织的能力测试成绩占30%（机试占25%、面试占5%；上海的面试成绩占30%；浙江的面试占27%的分值，综合素质评价占3%），高中学业成绩占10%（3%为综合素质评价、7%由高中学业水平考试成绩折算；浙江的高中学业成绩均由高中学业水平考试成绩折算）。在思想政治品德考核和身体健康状况检查合格，符合本校提档要求的情况下，按考生综合成绩择优录取。如 综合成绩相同，则按高考成绩从高分到低分依次录取；如综合成绩、高考成绩都相同，则按本校能力测试成绩从高分到低分依次录取。
学校设立由校领导和相关职能部门负责人、学校教师、学生及校友代表组成的招生委员会，全面贯彻执行教育部和广东省招生委员会有关普通高校考试招生政策，负责制定学校招生章程、招生规定和实施细则、确定招生规模和调整专业招生计划，组织管理招生工作的具体实施，协调处理招生工作中的重大事项。
学校面向全国部分省（区、市）招生，全部为提前批（或综合评价批）录取。综合评价相关招生办法详见《南方科技大学2020年综合评价招生简章》。学校招生计划及有关要求均以生源省（区、市）公布的专业目录为准。根据教育部相关规定，学校本科招生预留不超过本科招生计划总数的1%用于生源质量调控等问题。
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