安徽中医药大学创建于1959年，其前身为1952年创立的安徽省中医进修班。1959年，安徽省政府正式批准成立安徽中医学院。1970年，安徽中医学院并入安徽医学院。1975年，国家教育部批准恢复安徽中医学院。2000年，安徽省医药学校并入安徽中医学院。2011年，省政府批准在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。2013年，教育部同意安徽中医学院更名为安徽中医药大学。
学校是国家中医临床研究基地、国家中药现代化科技产业（安徽）基地、国家中医药国际合作基地、国家药品临床研究基地，国家博士授权单位、硕士研究生推荐免试单位。现占地总面积1269.68亩，有少荃湖、梅山路、史河路、六安路四个校区。图书馆藏书201.55万册，古籍部珍藏古籍线装书3.3万册，是“全国古籍重点保护单位”。中药资源中心腊叶标本室储藏了15万份药用植物腊叶标本，是全国医药院校珍藏标本最丰富的标本室。新安医学文化中心是安徽省中医药文化宣传教育基地。
学校现有全日制在校生16091人（其中博士、硕士1503人），有17个二级院部（含3所直属附属医院），5所非直属附属医院。现有教职工4400人，其中副高以上职称人员759人。有国医大师2人，岐黄学者2人，全国名中医3人，国家名老中医学术经验项目指导教师26人，享受国务院特殊津贴28人、省政府特殊津贴15人，安徽省高校领军人才5人，安徽省学术与技术带头人、后备人才26人，博士生导师42人，硕士生导师579人。有来自国内外的63名知名专家学者担任学校客座教授。
学校现有24个本科专业，有3个一级学科博士学位授予点，5个一级学科硕士学位授予点，26个二级学科硕士学位授予点，4个硕士专业学位授权点。有国内一流学科B类项目1个，安徽省高峰学科建设计划项目1个，安徽省学科建设重大项目2个，国家中医药管理局重点学科17个。有国家临床重点专科7个，国家中医药管理局重点专科21个。
学校以人才培养为第一要务，学校现有2个国家级教学团队，12个省级教学团队，2个国家级实验教学示范中心，1个国家级专业综合改革试点项目，2个国家级卓越医生（中医）教育培养计划，2位国家中医药高等学校教学名师。获国家级、省级质量工程项目近400项，国家级教学成果一等奖1项、二等奖3项，省级教学成果特等奖2项、一等奖6项。
学校注重彰显办学特色，建立临床客观结构化考试中心，设立大学生课外学术科技创新与创业基金，开展“百人获奖、千人参与、万人受益”的大学生知识技能竞赛和“挑战杯”等各级各类竞赛活动。近五年，共有学生1000余人次在学术科技与创新创业领域获省部级以上表彰和奖励400余项。学校广泛开展各类社会实践活动，荣获全国大中专学生志愿者“三下乡”社会实践活动先进集体称号。学校近5年毕业生平均就业率在94%以上。
学校大力推进科技强校战略，近5年共承担各级科研项目1732项，其中国家级项目近200项，取得研究成果310项，获省部级以上科技奖励41项。现有10个省级科技创新团队，41个省级以上重点实验室及工程（技术）研究中心。建立了安徽省中药材科技产业战略联盟，获“全国科技特派员工作先进集体”、“中医药科技管理工作先进集体”、“推动中医药学术发展特别贡献奖”等称号和荣誉。
学校不断加强产学研用合作，与黄山、亳州、六安等10余个市县人民政府及一大批国内知名中医药企业签订合作协议，建有40余个产学研合作基地。第一附属医院是全省最大的三级甲等综合性中医医院；第二附属医院是全国首家也是规模最大的三级甲等针灸专科医院；第三附属医院是国家第三批重点建设的中西医结合医院；神经病学研究所附属医院是一所以“肝豆状核变性诊治”为优势的专科医院；国医堂是一所以纯中医方式为主要医疗手段的医疗单位。
学校与美国、澳大利亚、德国、希腊等20多个国家和地区的40多个医疗和教育机构建立了友好合作关系。先后有10多个国家和地区的学员来校攻读博士、硕士、学士学位以及参加临床培训。
目前，学校已发展成一所以中医药学科为主，相关学科协调发展，办学层次齐全，中医药特色鲜明的高等中医药院校。面向未来，学校将继续坚持“质量立校、人才兴校、科技强校、文化塑校、依法治校、开放荣校”六大战略，着力培育“精诚是新”中医药人才，构筑安徽中医药协同创新高地，引领安徽中医药事业产业发展，建成国内有实力、省内高水平、行业有影响的中医药特色鲜明的地方高水平大学，为建设现代化五大发展美好安徽、服务人民大众健康做出更大贡献。
