牡丹江医学院由1946年始建的牡丹江专区医院、1952年始建的黑龙江省卫生干部进修学校于1958年共同创建，是黑龙江省东南部地区唯一一所省属普通本科医药院校,著名历史学家郭沫若先生题写了校名。
1997年一次性通过教育部本科教学合格评价。2006年在教育部本科教学水平评估中，专家组给予了优秀评价，全国评价为良好。2010年被列为黑龙江省特色应用型本科高校建设单位。2012年被评为全国首批卓越医生教育培训计划项目试点高校。2013年获得硕士学位授予权。2015年，被授予“全国文明单位”称号，在教育部临床医学专业认证中获得了6年有效期，居地方医学院校领先水平。2016年，在国家本科教学审核评估中获得专家组高度评价。
学校长期坚持“为农村办学，为基层服务”的办学方向，获得国家和社会的充分认可。“为农村培养乡土型医师的探索与实践”获国家级优秀教学成果特等奖。
学校占地面积77万平方米，建筑面积40万平方米，教学科研仪器设备总值1.97亿元，资产总值9.8亿元。
学校本科招生面向全国28个省、自治区、直辖市，现有全日制硕士研究生、本科生11361人。学校开设临床医学、医学影像技术、制药工程、公共事业管理等20个本科专业，涵盖医学、理学、工学和管理学4个学科门类。其中临床医学、医学影像学、麻醉学、医学检验是省级重点专业，医学影像学是省级一类特色专业、国家级一类特色专业建设点和省人才培养模式创新实验区，口腔医学、临床医学、医学影像学、麻醉学专业列为本科一表招生。临床医学、基础医学、生物学、护理学、公共卫生学、药学为硕士学位授权一级学科,硕士授权二级学科28个。基层实用型临床医学列为黑龙江省“双一流”建设项目——全省特色学科建设学科。基础医学、生物学、内科学和影像医学与核医学为省级重点学科;药学和外科学为省级重点培育学科。人体解剖学、组织学与胚胎学、医学遗传学、病原生物学、医学影像设备学和诊断学为省级精品资源共享课程，《常见感染病》为省级精品开放课程。
学校现有教职工3340人(含两所直属附属医院)，具有高级职称人员723人、具有硕士以上学位人员762人。专任教师710人，正高级职称164人，副高级职称208人，硕士以上学位教师占79%，其中博士学位教师142人，占20%。博士生导师5人、硕士生导师187人，龙江学者特聘教授3人，国务院及省政府特殊津贴获得者、省级教学名师、省优秀中青年专家和省卫生系统有突出贡献的中青年专家等25人，省领军人才梯队、省高校科技创新团队、省级教学团队等6个。我校教师获得首届全国医学影像技术专业教师教学设计大赛特等奖、第二届全国康复相关专业青年教师课堂教学比赛二等奖等国家级奖励近30项。
学校现有肿瘤疾病防治、脑卒中防治、抗纤维化生物治疗、麻醉与危重病学4个黑龙江省重点实验室，组织损伤与修复、肿瘤疾病防治2个黑龙江省高校重点实验室，1个中俄医科大学联盟牡丹江医学院慢病与药物研究中心，依托学校建有黑龙江省生物医药技术服务平台、黑龙江省博士后创新创业实践基地、黑龙江省高校校企共建工程技术研发中心和牡丹江市北药开发实验基地等科研平台;基础医学实验教学中心、临床技能实验教学中心和药学实验教学中心为黑龙江省实验教学示范中心。
近年来，学校教师参加教材编写293部，其中主编教材68部。承担国家级、省部级科研课题140多项，2018年获国家重点研发计划1项。合作获得国家技术发明二等奖1项。获得省部级科学技术奖61项、省部级教学成果奖27项。《牡丹江医学院学报》国内外公开发行。
学校图书馆馆藏文献180万册，其中纸质图书100万册。校园网“千兆(1Gbps)为主干，百兆到桌面”，运行1个学校门户网站和43个二级网站。
学校有2所直属附属医院、7所教学医院，实习医院、制药企业、国有大中型企业等实践教学基地68所。
学校与俄罗斯太平洋国立医科大学、美国田纳西大学、菲律宾法蒂玛大学等国外院校建立了交流与合作关系。
学校秉承“立德立行、唯实唯新”的校训，弘扬“执着、爱校、求实、合作、创新、奉献”的牡医精神，坚持“人本、厚德、尚能、强技”的办学理念，突出“以德为先，注重人文，强化实践，服务基层”的办学特色，注重学生实践能力的培养，毕业生综合素质和适应能力不断提高，受到用人单位的欢迎，得到了社会的广泛认可。
建校以来，学校共培养医学、药学等专业毕业生6万余人，大部分已经成为学科带头人和业务骨干，为黑龙江省和全国医药卫生事业发展作出了重要贡献。
